飛島は日本海が広がってきたころに海底火山から噴き出した噴出物が海底に積み重なり、それが隆起してできた島ですが、荒崎海岸はその噴火の時の軽石や流紋岩の破片を含んだ火山礫凝灰岩でできています。

荒崎周辺ではトビシマカンゾウやスカシユリをはじめとした海浜植物、海岸岩壁植物、草原植物が混生するというとても珍しい植生が広がっているので、１９７５年に「飛島荒崎頸部の植物群落」として酒田市の天然記念物に指定されています。また、１９９６年には「日本の渚百選」にも選ばれています。ここから見る夕日は絶景です。

この周辺では毎年漂着物を取り除く「飛島クリーンアップ作戦」や「トビシマカンゾウ保全活動」などの環境保全活動が行われています。

荒崎のすぐ近くの海食台の上にジジ石とババ石という大きな石がありますが、津波石と考えられています。