鳥海山・飛島ジオパークでは、全体テーマを「日本海と大地がつくる水と命の循環」とし、サブテーマを「暖流・活火山・湧水がおりなす自然と暮らし」としています。また、5つのエリアごとにもテーマを設定し、全体としてジオ・自然・文化にわたる地域の特徴をわかりやすくしました。
鳥海山の火山活動は約60 万年前に始まり、現在にいたるまで幾度となく噴火をくり返しています。鳥海山の地層は噴火の度に流れ出た溶岩によって、まるでバウムクーヘンのようになっています。冬季、対馬暖流からたっぷり水蒸気をもらった季節風は鳥海山にぶつかって大量の雪や雨を降らせます。その雪や雨は地下に浸透して地層のなかに溜まり、長い年月をかけて湧水や川となり海に流れ出ます。鳥海山麓の生活は、日本海と大地をめぐる水の循環がもらたす豊かな水の恵みによってなりたっています。
飛島は、1,000万年以上前に海底火山の噴出物が海底に堆積し、それが後の地殻変動によって隆起し、風雨と波浪に洗われてできた島です。鳥海山と飛島は地質年代は違えども、その地形や自然環境の形成には日本海が深く関わっています。
鳥海山と飛島の文化的な繋がりも多く、その象徴的なものとしては鳥海山大物忌神社（遊佐町）と小物忌神社（飛島）の存在が挙げられます。両社は10世紀の宮中の書物『延喜式』にも記された古社で、大和朝廷が東北地方のヤマト化を進めた律令制の時代、鳥海山は国の辺境にあって国家を守護する神と崇められました。
飛島は鳥海山と対になる神を祀る海上の沖つ島であり、毎年7月14日に両社で行われている「火合わせ神事」は、互いの存在を確かめ合う古式神事です。
飛島から望む鳥海山
日本海航路が整備された江戸時代の酒田は「西の堺、東の酒田」とも言われるほど大いに賑わった湊でした。河口の港のため増水等による地形の変化や強風のため入港に困難を来すこともあり、酒田をめざした船は、沖合の飛島に「日和待ち」をしました。鳥海山麓の石脇湊、古雪湊、金浦湊、大間湊なども、飛島の存在に恩恵を受けた湊でした。
鳥海山を航海や漁業、天候予知のヤマアテとして利用してきた漁民の信仰も厚く、豊漁と安全祈願の対象として鳥海山を信仰しています。
