飛島では年貢をイカで収めるほどのイカの名産地でした。そのイカの豊漁を祈願した神社ともいわれています。社殿にはよく見るとイカと鯉の彫刻があります。イカ＋鯉で「イカ来い！」と願掛けしているそうです。
島の西沖約2kmにある御積島の洞窟が本殿で、光輝く龍の鱗のような形状の岩壁があり龍神様を祀っています。

夏は、飛島海水浴場としてにぎわう海岸です。
西側断崖には、ハヤブサの営巣地があり、運が良ければハヤブサの飛ぶ姿を見ることができます。

島の西海岸にある遊歩道は、およそ900万年～1300万年前に噴出した溶岩が固まってできた荒々しい景観が広がり、海底火山と波の浸食によって作られたさまざまな形の岩や、地表に顔を出した古い断層を見ることができます。ローソクの形に似たローソク岩や鼻のところをくぐれるマンモス岩など、自然が作り上げた奇岩が遊歩道散策を楽しませてくれます。

海岸遊歩道の火山岩（流紋岩）が創りだす荒々しい景観のなかをしばらく歩くと、こぶしほどの大きさの丸石が大量に打ち上がった「賽の河原」が現れます。島民は滅多に近寄らない場所で、古くから死者の魂が集まる処と信じられてきました。御積島、明神社、そして亡き人の魂が集まるという賽の河原。島の西方は、聖地、霊地として意識されてきました。
この賽の河原に積まれた石は、崩してもいつの間にか元に戻るといわれ、その理由についても、波の作用か、人の作用かと、様々な考察がされていますが、真相は不明です。

貝殻でできた浜のシェルビーチの景観をお楽しみください！

タブノキはクスノキ科の常緑高木で、樹高が30ｍにもなる大きな樹木です。暖地の樹木のタブノキは、本州、四国、九州、沖縄の主として沿岸部に生育しています。
飛島周辺を流れる対馬海流の影響を受けて温暖な気候であることが、暖かい気候を好むタブノキが生育できる理由です。

飛島の西方約１ｋｍにある烏帽子群島は、日本海が広がってきたころに海底火山の活動によって噴出した溶岩が、ゆっくりと冷えて固まるときにできる柱のような節理の柱状節理がたくさん見られる島々です。岩が黒っぽく見えるのでよく玄武岩と勘違いされますが、鳥海山と同じ安山岩です。
柱状節理やウミネコの繁殖地などの保護すべき場所として鳥海国定公園特別保護地区となっていますが、柱状節理の上にあがったり、安山岩の円礫でできているグス浜で海水浴をしたりもできます。
柱状節理は島の人から材木岩と呼ばれ、弘法大師が酒田から飛島へ橋を架けようとしてあと一歩のところで失敗したときの木材が岩になってしまったという伝説が伝わっています。烏帽子群島周辺の海は透明度が高く、スキューバダイビングや磯釣りのポイントとしても大人気です。
※遊覧船の予約は各自でお願いいたします。
・当日の潮の状況次第では実施できません
・遊覧船の料金は別料金になります
・上陸する場合は別途料金がかかります

御積島は飛島の西方約１ｋｍに位置し、飛島本島よりも高い標高７２ｍあります。日本海が拡大したころの海底での火山活動による流紋岩でできていて、それが隆起してできた島です。
鳥海国定公園の特別保護地区に指定されていて、島の北側の海抜５ｍほどのところにある海食洞の内部は龍の鱗のようになっていて、黄金の龍神様の聖地として島の人や船乗りさんたちの厚い信仰を集めてきました。
　また、ウミネコ、カンムリウミスズメ、ウトウなどの海鳥の繁殖地は天然記念物になっています。海食洞の龍鱗状の岩の成因理由は、崖の上で繁殖するウミネコのフン、排せつ物のリン成分が雨水に溶けて岩の割れ目から染み出し沈殿したものと考えられています。
海底ではドチザメも観察でき、島や海食洞の成因、海鳥の繁殖、海の民の文化などジオ・自然・文化が交錯するすばらしいジオサイトになっています。
※遊覧船の予約は各自でお願いいたします。
・当日の潮の状況次第では実施できません
・遊覧船の料金は別料金になります