飛島では年貢をイカで収めるほどのイカの名産地でした。そのイカの豊漁を祈願した神社ともいわれています。社殿にはよく見るとイカと鯉の彫刻があります。イカ＋鯉で「イカ来い！」と願掛けしているそうです。
島の西沖約2kmにある御積島の洞窟が本殿で、光輝く龍の鱗のような形状の岩壁があり龍神様を祀っています。

夏は、飛島海水浴場としてにぎわう海岸です。
西側断崖には、ハヤブサの営巣地があり、運が良ければハヤブサの飛ぶ姿を見ることができます。

島の西海岸にある遊歩道は、およそ900万年～1300万年前に噴出した溶岩が固まってできた荒々しい景観が広がり、海底火山と波の浸食によって作られたさまざまな形の岩や、地表に顔を出した古い断層を見ることができます。ローソクの形に似たローソク岩や鼻のところをくぐれるマンモス岩など、自然が作り上げた奇岩が遊歩道散策を楽しませてくれます。

海岸遊歩道の火山岩（流紋岩）が創りだす荒々しい景観のなかをしばらく歩くと、こぶしほどの大きさの丸石が大量に打ち上がった「賽の河原」が現れます。島民は滅多に近寄らない場所で、古くから死者の魂が集まる処と信じられてきました。御積島、明神社、そして亡き人の魂が集まるという賽の河原。島の西方は、聖地、霊地として意識されてきました。
この賽の河原に積まれた石は、崩してもいつの間にか元に戻るといわれ、その理由についても、波の作用か、人の作用かと、様々な考察がされていますが、真相は不明です。

南灯台のある崖は高さが２０ｍあり、直径が５～１０ｃｍの緑色の丸い石を含む地層と火山灰の地層が交互に積み重なった互層になっています。これはおよそ１６５０万年前から９００万年の間に、海底の火山活動で噴火が繰り返し繰り返し起こり、水中で堆積してできた地層で、それが波の力によって削られた海食崖です。
飛島の周囲には海食台と呼ばれる干潮時だけ現れる平らな岩が広がっています。
南灯台のあるあたりはゴトロ浜と呼ばれますが、丸い石や岩脈まじりで硬くてごとろごとろ（ごろごろ）して歩きづらいのでゴトロ浜と呼ばれるようになったという説もありますが、飛島の人もはっきりはわからないそうです。
この海食台もやがては隆起して５番目の段丘になると考えられていて、ゴトロ浜は地球の営みのダイナミズムを感じことができる場所です。

貝殻でできた浜のシェルビーチの景観をお楽しみください！

飛島の西側や北側の法木地区の隆起ベンチを覆っている緩斜面に、有機質の土壌層の中に礫の層が挟まれているところが何か所か見つかります。その露頭は標高５～８ｍの高さで、堆積物の厚さは合計で１ｍ程度です。
島内に大きな河川はありませんからこれらの礫は海から来たものですが、それは冬の強い季節風による荒波ではなく、津波がここまで礫を運んできたのです。
　礫と一緒に見つかった土師器や須恵器の土器片や、土壌を放射性炭素年代測定で調べた結果、９～１０世紀ころの津波だとわかりました。西暦８５０年の出羽国庄内嘉祥地震の可能性があります。
また、一番上の表層近くの礫層は１８３３年の庄内沖地震津波起源のものと推定されています。
飛島はおよそ１０００年に１回の周期で津波の被害を受けていることがわかり、自然に学び自然を畏れる気持ちを持つことができるジオサイトです。

荒崎周辺ではトビシマカンゾウやスカシユリをはじめとした海浜植物、海岸岩壁植物、草原植物が混生するというとても珍しい植生が広がっているので、１９７５年に「飛島荒崎頸部の植物群落」として酒田市の天然記念物に指定されています。また、１９９６年には「日本の渚百選」にも選ばれています。ここから見る夕日は絶景です。
この周辺では毎年漂着物を取り除く「飛島クリーンアップ作戦」や「トビシマカンゾウ保全活動」などの環境保全活動が行われています。

人が1人通れるくらいの狭い穴がつづくテキ穴。中はひんやりと暗く、異質な空間。 1964年（昭和39年）に平安時代の人骨と土器類が発見された洞窟遺跡です。人骨は22体分あり、共に出土した土器類から平安時代と推定されます。
しかし、なぜここに住んでいたかは謎のまま・・・。